ATOK for PocketPCのユーティリティ

http://www3.justsystem.co.jp/download/atok/ut/pckpc/030128.html
結局ユーザー辞書の一括登録、一括抽出はユーティリティにてサポートされていました。
上記サイトのユーティリティをWindowsフォルダにインストールすれば可能となります。
うまくするとメモからの一括登録も可能なようなのですが（書式さえそろえればPalmからのインポートも可能なようです）ちょっと情報を見つけられなかったので手動で一つ一つやってしまいました。抽出してバックアップも取ったので今後はラクチンです。